Órgano de dirección de las comisiones y comités conformados dentro de las cámaras del Congreso de la Unión. En la Cámara de Diputados la Junta Directiva de cada comisión o comité se conforma por el presidente y los secretarios, cuyo número se establece por acuerdo de los grupos parlamentarios. En la Cámara de Senadores la Junta Directiva se integra por un presidente y dos secretarios de distintos grupos parlamentarios.
Entre sus principales atribuciones se encuentran: 1) presentar, para su aprobación, el proyecto de Programa de Trabajo Anual de la comisión o comité; 2) proponer la integración de subcomisiones o grupos de trabajo, dentro de la comisión o comité; 3) elaborar el proyecto de calendario anual de reuniones ordinarias de la comisión o comité; 4) sugerir la realización de foros, seminarios, talleres, conferencias, investigaciones, estudios, y audiencias de interés; 5) llevar a cabo consultas respecto a los temas de su competencia; 6) entregar un informe de los recursos económicos y materiales utilizados durante cada año legislativo al Comité de Administración; y, 7) formular el orden del día de las sesiones de la comisión o comité, así como evaluar el funcionamiento de dichos órganos.
En el caso exclusivo del Senado, su Reglamento establece que tiene atribuciones para declarar el carácter público o privado de las sesiones de la comisión o comité. Por su parte, la normatividad particular de la Cámara de Diputados estipula las facultades de la Junta Directiva para convocar a reunión cuando menos cada 15 días y presentar ante el Pleno de la comisión las propuestas de opinión que les hayan sido turnadas.